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蛇制造

swMATH ID: 23580
软件作者: 约翰内斯·科斯特;斯文·拉赫曼
描述: 使用基于Python的snakemake构建和记录工作流。Snakemake是一种新型的工作流引擎,具有简单的Python派生的工作流定义语言和优化的执行环境。它是第一个在每个规则定义的输入和输出文件名中支持多个命名通配符(或变量)的系统。它还允许编写人类可读的工作流来记录自己。我们发现Snakemake对于构建高通量测序数据分析管道特别有用,并提供了该领域的示例。Snakemake演示了一种用python实现特定于域的语言的通用方法,无需编写完整的解析器或通过重载语言功能引入语法开销。
主页: https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/
关键词: 工作流引擎;依赖关系图;背包问题;蟒蛇;高通量测序技术;下一代测序
相关软件: 塔维纳;蟒蛇;图像库2;scikit-图像;CLIJ公司;细胞档案器;伊拉斯提克;;冰冷的;图像J2;卤化物;ITK公司;打开CV;MISA公司++;火花;针织物;数字Py;皮夫萨;电子蜂巢;B管道
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标准条款

1出版物描述软件 年份
使用基于Python的snakemake构建和记录工作流
约翰内斯·科斯特;斯文·拉赫曼
2012