DMAP公司 swMATH ID: 23511 软件作者： Stockwell，P.A.，A.Chatterjee，E.J.Rodger。I.M.莫里森 说明： DMAP：RRBS和WGBS数据的差异甲基化分析包。动机：高通量测序技术的快速发展使表观遗传学者能够大规模量化DNA甲基化。测序能力的逐步提高在处理分析和解释大量数据方面提出了挑战；研究来自多个样本的基因组尺度数据之间的差异甲基化突出了这一挑战。结果：我们开发了一个差异甲基化分析软件包（DMAP），用于生成覆盖过滤的参考甲基体，并识别来自代表性降低的亚硫酸氢盐测序和全基因组亚硫酸氢酯测序实验的多个样本中的差异甲基化区域。我们介绍了一种新的基于片段的方法，用于研究亚硫酸氢盐序列数据的DNA甲基化模式。此外，DMAP以一种易于用有限的生物信息学知识分析的格式提供了基因和CpG特征的身份以及到差异甲基化区域的距离。可用性和实现：该软件是用C语言实现的，其编写目的是确保不同平台之间的可移植性。源代码和文档可从以下位置免费获得（DMAP：压缩的TAR存档文件夹）http://biochem.otago.ac.nz/research/databases-software/。还可以从Web站点下载两个测试数据集。测试数据集1包含从患者和对照组的1号染色体读取的数据，该数据用于当前文章中的比较分析。测试数据集2包含来自三种疾病的21号染色体的一部分和三个对照样本的读数，用于测试DMAP的操作，特别是用于方差分析。包括用于分析的命令示例。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24608764 相关软件： B平滑;甲基试剂盒;COHCAP公司;SAAP-RRBS公司;MOABS公司;HMM-DM公司;RRBSMAP公司;二硫醚;甲基Sig;HMM-Fisher公司;BS搜索器;BSMAP公司;PASS-bis（通过）;俾斯麦;BISMA公司;米菲;瓷砖QC;跳动;甲基编码器;方法分析 引用于： 2文件 2位作者引用 2 孙淑英 2 于晓青 连载1篇 2 遗传学和分子生物学中的统计应用 在2个字段中引用 2 概率论与随机过程（60-XX） 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文