马尔丹

大系统的大规模平行分子动力学代码。介绍了分子动力学模拟程序ls1mardyn。它是一个高度可扩展的代码,针对超级计算架构上的大规模并行执行进行了优化,目前拥有超过4万亿粒子的最大分子模拟的世界纪录。它使对势在长度和时间尺度上的应用成为可能,而这在以前的分子动力学模拟中是不适用的。通过一个有效的动态负载平衡方案,它甚至可以为具有挑战性的异构配置提供高扩展性。目前,基于Lennard-Jones位、点电荷和高阶极性的多中心刚性势模型得到支持。由于其模块化设计,ls1 mardyn可以扩展到新的物理模型、方法和算法,允许未来的用户根据各自的需要进行定制。可能的应用包括具有复杂几何结构的场景,例如界面处的流体,以及热质传递的非平衡分子动力学模拟

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