元模拟

MetaSim-基因组学和元基因组学的测序模拟器。背景:元基因组学这一新的研究领域正在为各种各样的、以前未分类的生态系统提供令人兴奋的见解。下一代测序技术正在使公共数据库中的环境数据迅速增加。对于处理复杂的元基因组数据集,需要专门的软件解决方案和统计方法。方法学/主要发现:为了促进元基因组工具的开发和改进以及宏基因组项目的规划,我们引入了一种称为MetaSim的测序模拟器。我们的软件可以用来生成合成阅读的集合,这些集合反映了典型的元基因组数据集的不同分类组成。基于给定基因组的数据库,该程序允许用户通过指定NCBI分类法不同级别的基因组数量来设计一个元基因组,然后使用多种不同测序技术的模拟从元基因组中收集读数。根据进化出的基因组序列生成一个进化的样本。结论/意义:MetaSim允许用户模拟单个读取的数据集,这些数据集可以作为计划测序项目的标准化测试场景,或用于对metagenomic软件进行基准测试。

zbMATH参考文献(参考 4篇文章 参考)

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  1. Comin,Matteo;Schimd,Michele:NGS数据的无装配技术(2017)
  2. Girotto,Samuele;Comin,Matteo;Pizzi,Cinzia:Metagenomic reads with spaced seeds(2017年),用间隔种子进行的元基因组阅读(2017年)
  3. 苏帕纳的米特拉;麦克斯的舒巴赫;丹尼尔H.休森:短克隆还是长克隆?基因组学中成对阅读使用的模拟研究(2010)ioport公司
  4. 李维忠:基于快速聚类和功能注释的超大基因组分析与比较(2009)ioport公司