Hy3S

Hy3S——超级计算机的混合随机模拟。Hy3S现在是一个更大的项目SynBioSS的一部分,SynBioSS是一个合成生物学的软件套件。SynBioSS利用Hy3S进行模拟,但在其周围封装了一个跨平台的用户界面。SynBioSS还包括两个基于web的软件,帮助设计和创建用于模拟的模型文件。SynBioSS和Hy3S的持续开发将记录在SynBioSS网站上。Hy3S(发音hi-three-ess)是一个开源项目,旨在开发、集成和传播能够尽快模拟化学或生化系统的软件,使用混合算法或其他近似算法大大减少计算时间,但仍然保持准确性。我们对有趣的生物装置的计算设计感兴趣,特别是那些依靠调节基因表达来产生有用行为的装置。通过将定量预测模拟与设计算法相结合,人们最终将能够使用计算机来识别产生所需功能的确切DNA序列,从而大大减少必要的实验工作量。当然,这个目标需要成熟的仿真算法,本项目致力于提供这些算法。使用本软件时,请引用以下参考文献:H.Salis,V.Sotiropoulos,Y.N.Kaznessis,BMC生物信息学,v7 p93(2006)