哆啦A梦

DoaEron(用于识别与核糖核酸相互作用的氨基酸的条件概率方法):基于概率方法的蛋白质- RNA相互作用残基的基于序列的区分。蛋白质与核糖核酸(RNA)的相互作用对于广泛的细胞过程如转录调节、蛋白质合成或翻译和翻译后修饰是众所周知的关键。RNA相互作用残基的鉴定可以提供对这些过程的洞察力,并有助于相关生物技术操作。由于它们在防治疾病和工业生产方面的最终潜力,多年来使用基于序列和结构的信息进行了多次计算尝试。最近的比较研究表明,尽管这些发展,许多问题所面临的可用性,先决条件,和可访问性的各种工具,从而呼吁在预测方案中的替代方法和角度补充。基于这种动机,在本文中,我们提出了一种简单而有效的条件概率方法,该方法基于在非数字序列特征空间中的相互作用区域中氨基酸的局部发生的应用,用于区分RNA相互作用和非相互作用的残基。所提出的方法已被仔细测试使用交叉估计方法的鲁棒性,示出{IT MCC}为0.341和$F- $测度为66.84%。当使用迄今为止可用的基准数据集来探索大规模应用时,这种方法表现出与现有技术相比的令人鼓舞的性能。该软件可在URL http://GITHUB.COM/ ABCgrp / DoaEaMon }上使用。