BEETL公司 swMATH ID: 23284 软件作者： 安东尼·考克斯（Anthony J.Cox）。；托拜厄斯·雅科比；乔瓦娜·罗森（Giovanna Rosone）；舒尔茨·特里格拉夫。 描述： 通过直接比较压缩文本索引来比较DNA序列集合。流行的序列比对工具（如BWA）将参考基因组转换为基于Burrows-Wheeler变换（BWT）的索引数据结构，从中可以快速确定与单个查询序列的匹配。然而，也为查询序列本身编制索引的实用性仍然相对未知。par这里我们展示了可以从每个集合的BWT计算两个序列集合的全面对比，BWT完全保存在外部内存中，即磁盘上而不是RAM中。作为此技术的应用，我们表明，可以比较转录组和基因组读取的BWT，以获得与更标准的基于参考的方法的结果高度重叠的剪接连接的无参考预测。构建和比较大型基因组数据集BWT的代码可在“url{http://betel.github.com/beetl/}“作为BEETL库的一部分。 主页： http://betel.github.io/beetl网站/ 源代码： https://github.com/BEETL/BEETL 相关软件： BWA公司;SCALCE公司;SlimGene公司;K路径;深渊;IDBA-UD公司;SPAdes公司;关贸总公司;LZ77型;顶帽;github;BED工具;香皂 引用于： 5文件 标准条款 1出版物描述软件，包括1出版物以zbMATH为单位 年份 通过直接比较压缩文本索引来比较DNA序列集合。 Zbl 1370.68340号安东尼·考克斯。;托比亚斯·雅科比;乔瓦娜·罗森;舒尔兹·特里格拉夫（Ole B.Schulz-Trieglaff）。 2012 全部的 前5名18位作者引用 1 鲍拉·博尼佐尼 1 安东尼·考克斯。 1 吉安卢卡·德拉·维多瓦 1 萨拉·朱利安尼 1 托比亚斯·雅科比 1 奥尔加德·凯勒 1 茨维·科佩洛维茨 1 希尔·兰道·菲比什 1 莫舍·勒文斯坦 1 苏珊娜·利普塔克 1 弗朗西斯科·马西略 1 尤里·皮罗拉 1 马尔科·普雷维塔利 1 瑞兹、拉斐拉 1 罗密欧·里兹 1 乔瓦娜·罗森 1 卡米尔·萨利霍夫 1 舒尔兹·特里格拉夫（Ole B.Schulz-Trieglaff）。 3篇连载文章中引用 2 理论计算机科学 1 算法 1 国际计算机科学基础杂志 在2个字段中引用 5 计算机科学（68至XX） 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文