爪式HMMER swMATH ID: 23248 软件作者： Horn DR、Houston M、Hanrahan P 描述： ClawHMMER：一个流式HMMer搜索实现。生物序列数据的激增激发了对极快概率序列搜索的需求。执行此搜索的一种方法涉及评估蛋白质数据库中每个序列的期望序列族的隐马尔可夫模型（HMM）的维特比概率。然而，当前实现的困难之一是搜索大型数据库所需的时间。许多当前和即将推出的提供大量计算能力的架构在设计时都考虑到了数据并行执行和流。我们提出了一种流式算法来评估HMM的维特比概率，并针对生物序列搜索中使用的特定HMM对其进行了改进。我们用Brook语言实现了流算法，允许我们在图形处理器上执行该算法。我们证明，图形处理器上的这种流算法可以优于可用的CPU实现。我们还演示了在16节点图形集群上运行的此实现。 主页： https://graphics.stanford.edu/papers/clawhmmer（https://graphics.stanford.edu/papers/clawhmmer）/ 相关软件： Btas公司；Matlab公司；zipHMM库；CuHMM公司；CUDA公司；UniProt公司；爆炸 引用于： 1文件 2位作者引用 1 穆罕默德·卡希夫·哈尼夫 1 卡尔·海因茨·齐默尔曼 连载1篇 1 计算 在3个字段中引用 1 数值分析（65-XX） 1 计算机科学（68至XX） 1 运筹学、数学规划（90-XX） 按年份列出的引文