分解器

去结合器:一种使用有限状态机在T细胞受体序列中进行快速、有效基因分配的工具。摘要:高通量测序提供了一个前所未有的广度和深度分析抗原特异性受体的机会。然而,这种技术产生的大量原始数据需要有效的方法对输出进行分类和存储,以便进行后续分析。为此,我们定义了一个简单的五项标识符,它唯一且明确地定义了每个TcR序列。然后,我们描述了一个新的应用有限状态自动机来映射单个tcr的Illumina短读序列数据到它们各自的标识符。此外,还描述了标准算法的扩展,该算法允许由于排序错误而出现的单个碱基对不匹配。该软件包名为Decombinator,首先在一组人工合成的silico序列上进行测试,然后在一组已发布的人类TcR-β序列上进行测试。解组合器分配序列的速度比经典的成对比对算法快两个数量级,并且即使在硅基序列中引入高达1%的错误率,也具有较高的精确度(>88%)。对已发表序列数据集的分析强调了在人类外周血中观察到的强烈的V和J使用偏差,这似乎与抗原暴露无关。分析还强调了现有剧目的巨大规模以及获得对其进行全面描述的挑战。去结合器包将是进一步深入分析T细胞谱的一个有价值的工具。可用性和实现:Decombinator包是用Python(v2.6)实现的,可以在https://github.com/uclinfectionommunity/Decombinator上免费获得,以及完整的文档和典型用法的示例。


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  1. 基思,乔纳森M.(编辑):生物信息学。第二卷:结构、功能和应用(2017)