COMPASS（指南针） swMATH编号： 23109 软件作者： 北格里申Sadreyev R 描述： COMPASS：一种用于比较多种蛋白质比对并评估统计显著性的工具。我们提出了一种新的方法来比较多个蛋白质比对与统计显著性评估（COMPASS）。该方法从比对中导出数字轮廓，构建最优局部轮廓-文件比对，并分析估计检测到的相似性的E值。评分系统和E值计算是基于PSI-BLAST方法对轮廓序列比较的推广，该方法适用于轮廓文件的情况。通过与现有的轮廓序列（PSI-BLAST）和轮廓文件（prof_sim）比较方法一起测试，COMPASS显示出了更高的能力，可以敏感和选择性地检测远程序列相似性，并提高了局部比对的质量。该方法允许预测PFAM数据库中蛋白质家族之间的关系，超出了传统方法的范围。两种具有高度显著性的预测关系是各种Rossmann型褶皱之间以及各种螺旋-转角-螺旋族之间的相似性。通过检测CTF/NFI家族的DNA-结合域和Smad家族的MH1域之间的复杂同源性，说明了COMPASS在结构/功能预测方面的潜在价值。 主页： http://prodata.swmed.edu/companc/companc.php 相关软件： PSI-爆炸;爆炸;ClustalW公司;Pfam公司;TM-对齐;美国金融服务贸易协会;打开DMAP;NoFold公司;卡纳;迁移率;RNA集群;IgRepertoire构造函数;GraphClust（图形俱乐部）;RNA表面;Rnall公司;梅维;RNA链;格拉维斯托;墨卡托;INDDGO公司 引用于： 3文件 全部的 前5名被9位作者引用 1 安德烈亚·贝尔尼尼 1 张明石 1 达尼洛·古洛托 1 黄月敏 1 洪春敏 1 乔纳森·基思（Jonathan M.Keith）。 1 尼科莱 1 马里奥·萨尔瓦多·诺拉西 1 奥塔维亚斯皮加 3篇连载文章中引用 1 非线性分析。理论、方法和应用。系列A：理论与方法 1 理论生物学杂志 1 分子生物学方法 在3个字段中引用 3 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 总体主题；集合（00-XX） 1 运筹学、数学规划（90-XX） 按年份列出的引文