指南针

COMPASS：一种用于比较多个蛋白质序列和统计显著性评估的工具。我们提出了一种新的方法来比较多蛋白质比对与统计显著性评估（COMPASS）。该方法从定线中导出数值剖面，构造最优的局部剖面剖面线对准，并对检测到的相似性进行解析估计。评分系统和E值计算是基于PSI-BLAST方法的推广，该方法适用于剖面剖面情况。通过与现有的剖面序列（PSI-BLAST）和剖面剖面剖面（prof帴sim）比较方法的测试，COMPASS显示了对远程序列相似性的敏感和选择性检测能力的提高，以及局部对准质量的提高。该方法允许预测PFAM数据库中蛋白质家族之间的关系，超出了传统方法的范围。两个具有高度意义的预测关系是各种Rossmann型褶皱之间的相似性和不同螺旋-转向-螺旋族之间的相似性。通过检测CTF/NFI家族的DNA结合域和Smad家族的MH1结构域之间复杂的同源性，说明COMPASS在结构/功能预测方面的潜在价值。

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zbMATH中的参考文献（参考文献9条)

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  1. 基思，乔纳森M.（编辑）：生物信息学。第二卷：结构、功能和应用（2017）
  2. 古洛托，丹尼洛；诺拉西，马里奥·萨尔瓦托；贝尔尼尼，安德里亚；斯皮加，奥塔维亚；Niccolai，Neri:探索蛋白质空间以扩展弱同源折叠的检测（2013）
  3. 马格列维修斯，明多加斯；Venclovas，Ceslovas:使用序列轮廓比较理论检测蛋白质家族之间的远距离进化关系（2010）ioport公司
  4. Poleksic，Aleksandar：用于估算纵断面线形得分统计显著性的岛屿法（2009年）ioport公司
  5. 萨德雷耶夫，罗斯兰；唐明；金邦贤；Grishin，Nick V.：用于同源性检测的COMPASS服务器：改进的统计精度、速度和功能（2009）ioport公司
  6. 萨德雷耶夫，罗斯兰；王勇；Grishin，Nick V.：在搜索数据库中考虑不相关蛋白质之间的得分可以改进档案比较（2009）ioport公司
  7. 乔斯，勃霍斯特；Snel，Berend:利用外源基因特性鉴定轻微爆炸中的同源物（2007）ioport公司
  8. 萨德雷耶夫，罗斯兰；唐明；金邦贤；Grishin，Nick V.：用于远程同源推理的COMPASS服务器。（2007年）ioport公司
  9. 洪春敏；黄月敏；张明石：利用遗传规划与因果树进行蛋白质功能鉴定的比对（2006）