指南针

COMPASS:一种用于比较多个蛋白质序列和统计显著性评估的工具。我们提出了一种新的方法来比较多蛋白质比对与统计显著性评估(COMPASS)。该方法从定线中导出数值剖面,构造最优的局部剖面剖面线对准,并对检测到的相似性进行解析估计。评分系统和E值计算是基于PSI-BLAST方法的推广,该方法适用于剖面剖面情况。通过与现有的剖面序列(PSI-BLAST)和剖面剖面剖面(prof帴sim)比较方法的测试,COMPASS显示了对远程序列相似性的敏感和选择性检测能力的提高,以及局部对准质量的提高。该方法允许预测PFAM数据库中蛋白质家族之间的关系,超出了传统方法的范围。两个具有高度意义的预测关系是各种Rossmann型褶皱之间的相似性和不同螺旋-转向-螺旋族之间的相似性。通过检测CTF/NFI家族的DNA结合域和Smad家族的MH1结构域之间复杂的同源性,说明COMPASS在结构/功能预测方面的潜在价值。


zbMATH中的参考文献(参考文献9条)

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  9. 洪春敏;黄月敏;张明石:利用遗传规划与因果树进行蛋白质功能鉴定的比对(2006)