PhyloBayes MPI公司

PhyloBayes MPI:在平行环境中用无限混合的剖面重建系统发育。替代过程的跨位点变异建模对于获得更精确的系统发育重建越来越重要。有限和无限混合模型已经被提出,并被证明是对经典单矩阵模型的显著改进。与有限混合体相比,无限混合体具有更大的表现力。然而,它们在计算上更具挑战性。这导致了在设计无限混合模型时的实际妥协。特别是,在PhyloBayes中实现的快速但简化的Dirichlet过程模型经常被用于最近的系统基因组学研究中,而更精细的模型结构、更真实和更符合经验的模型结构实际上是遥不可及的。我们介绍了一个消息传递接口版本PhyloBayes,实现了Dirichlet过程混合模型以及更经典的经验矩阵和有限混合。由于两种算法策略的结合,使得并行化变得有效:树拓扑的部分Gibbs采样更新和Dirichlet过程先验的截断断棒表示。该实现表明,对于多达64个核心,计算速度接近线性增长,从而允许在复杂混合模型下更快地进行系统发育重建。PhyloBayes MPI可从我们的网站www.PhyloBayes.org免费获取。