防护测试3 swMATH ID: 23032 软件作者： Darriba D、Taboada GL、Doallo R、Posada D。 说明： 实验3：快速选择最适合的蛋白质进化模型。ProtTest是一种生物信息学工具，用于为现有数据选择最适合的氨基酸替代模型。ProtTest通过在候选列表中查找具有最小Akaike信息标准（AIC）、贝叶斯信息标准（BIC）分数或决策理论标准（DT）的模型来进行选择。同时，ProtTest获得不同参数的模型平均估计值（包括模型平均的系统发育树），并计算其重要性（Posada和Buckley 2004）。ProtTest与其核苷酸类似物jModeltest（Posada 2008）的不同之处在于，它不包括似然比测试，因为ProtTest中包含的所有模型并非都是嵌套的。ProtTest是用Java编写的，使用程序PhyML（Guindon和Gascuel，2003）对系统发育树和模型参数进行最大似然（ML）估计。当前版本的ProtTest（3.2）包括15个不同的速率矩阵，当我们考虑位点之间的速率变化（+I：恒定位点；+G：γ-分布速率）和观察到的氨基酸频率（+F）时，会产生120个不同的模型。 主页： https://github.com/ddariba/porttest3 源代码： https://github.com/ddariba/porttest3 相关软件： 国际GTP;贝叶斯先生;OXBench公司;SAB标记;马格西;卡林;肌肉;拉根;ClustalW公司;HMMER公司;巴利巴斯;生物技术研究所;RAxML公司;记录-I-DCM3;普罗瓦林;充分满足;莫韦;NINJA公司;四重奏MaxCut;DACTAL公司 引用于： 2文件 标准条款 1出版物描述软件 年份 方案3：快速选择最适合的蛋白质进化模型迭戈·达里巴（Diego Darriba）；吉列尔莫·塔博达。；拉蒙·多亚洛；大卫·波萨达 2011 2位作者引用 1 乔纳森·基思（Jonathan M.Keith）。 1 Tandy J.沃诺。 连载1篇 1 分子生物学方法 在2个字段中引用 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 总体主题；集合（00-XX） 按年份列出的引文