正交数据库

OrthoDB v8:更新orthologs和底层自由软件的层次目录。正字法是对同源性概念的提炼,是进化比较研究的基石。随着基因组数据可用性的不断增加,正畸学的推断已经成为产生对许多研究至关重要的基因功能假说的工具。本次更新的OrthoDB orthologs分级目录(http://www.OrthoDB.org)涵盖了3027个完整的基因组,包括87种节肢动物、61种脊椎动物、227种真菌和2627种细菌(从11000多个现有基因组中取样最完整和最具代表性的基因组)。除了UniProt、InterPro、GO、OMIM、模式生物表型和COG功能分类的功能注释的最广泛集成外,OrthoDB还独特地提供了进化注释,包括正交序列发散率、拷贝数分布、兄弟群体和基因结构。我们从用户兴趣的分类系统中选择用户感兴趣的物种,并重新设计相关的用户界面。文本搜索允许使用复杂的逻辑和各种各样的基因、蛋白质、域、本体或注释关键字和短语的标识符。基因拷贝数档案也可以查询。这个版本提供了免费的底层ortholog集群管道(http://www.orthodb.org/software)。


zbMATH中的参考文献(引用于,2标准条款)

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按年份排序(引用)

  1. 基思,乔纳森M.(编辑):生物信息学。第一卷:数据、序列分析和进化(2017)
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  4. Kriventseva,Evgenia V.;Rahman,Nazim;Espinosa,Octavio;Zdobnov,Evgeni M.:Orthodb:真核生物原核生物的分类目录。(2008年)ioport公司