隐秘

SecretP:通过将新特征融合到周氏的伪氨基酸组成中来识别细菌分泌的蛋白质。蛋白质分泌在细菌的生活方式中起着重要作用。分泌的蛋白质通过使细菌与环境相互作用,特别是将致病性和共生细菌输送到真核宿主中,从而对细菌的致病性起着至关重要的作用。因此,细菌分泌蛋白的鉴定成为研究各种疾病及相应药物的重要过程。本文将几种新的特征融合到Chou的伪氨基酸组成(PseAAC)中,开发了两种基于支持向量机(SVM)的三元分类器,用于预测革兰氏阴性菌和革兰氏阳性菌的分泌蛋白。对于这两类细菌,用我们的方法区分经典分泌型、非经典型和非分泌型蛋白质的准确率分别为94.03%和94.36%。为了比较本方法与已发表的6种方法鉴别细菌分泌蛋白的实用能力,收集大肠杆菌和枯草芽孢杆菌中的蛋白质,构建了革兰氏阴性菌和革兰氏阳性菌的检测集,预测结果与现有方法的预测结果相当方法。当在两个独立的公共数据集上进行预测NCSPs时,对革兰氏阴性细菌蛋白质也产生了令人满意的结果。预测服务器SecretP可访问http://cic.scu.edu.cn/bioinformatics/secretPV2/index.htm。


zbMATH参考文献(14篇文章引用)

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按年份排序(引用)

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