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iSNO-PseAAC公司

swMATH编号: 22446
软件作者: Xu,Y。;丁,J。;Wu,L.-Y。;周,K.-C。
描述: iSNO PseAAC:通过将位置特异性氨基酸倾向纳入伪氨基酸组成来预测蛋白质中的半胱氨酸S-亚硝基化位点。蛋白质的翻译后修饰(PTM)负责传感和转导信号,以调节各种细胞功能和信号事件。S-亚硝基化(SNO)是最重要和最普遍的PTM之一。随着后基因组时代产生的蛋白质序列雪崩,迫切需要开发计算方法来及时识别蛋白质中的准确SNO位点,因为这类信息对于基础研究和药物开发都非常有用。在这里,开发了一种新的预测因子,称为iSNO-PseAAC,通过将位置特异性氨基酸倾向(PSAAP)纳入伪氨基酸组成的一般形式(PseAAA)来识别蛋白质中的SNO位点。预测器使用条件随机场(CRF)算法实现。作为演示,构建了一个基准数据集,其中包含731个SNO站点和810个非SNO站点。为了减少同源性偏差,这些位点都不是从具有[公式:见正文]配对序列同一性的蛋白质中衍生出来的。据观察,iSNO-PseAAC在独立数据集上识别亚硝基化蛋白质的总体交叉验证成功率超过90
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23409062
相关软件: iRSpot-PseDNC公司;国际RSpot-TNCPseAAC;财产;iLoc-Hum公司;iNuc-PhysChem;综合布线;PseAAC-建筑商;iSNO-AAP航空公司;iRNA心理健康;iAMP-2L型;伦敦银行支持向量机;iPPI-Esml接口;邻硝基-Tyr;iNuc-PseKNC;iPTM毫升;iMethyl-PseAAC(异甲基苯丙酮);PseKNC公司;iRSpot-EL接口;iPro54-PseKNC;iHSP-PseRAAAC系统
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5 肖宣
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