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GOASVM公司

swMATH ID: 22445
软件作者: Wan,S.,Mak,M.W.,Kung,S.Y。
描述: GOASVM:一种亚细胞位置预测因子,通过将术语频率基因本体论纳入Chou伪氨基酸组成的一般形式。蛋白质亚细胞定位预测是一个重要而又具有挑战性的问题。最近,人们提出了几种基于基因本体(GO)的计算方法来解决这一问题,并证明了其优于基于其他特征的方法。然而,现有的基于GO的方法并没有充分利用GO信息。本文提出了一种称为GOASVM的高效GO方法,该方法利用GO项频率和远距离同源物的信息来表示Chou伪氨基酸组成的一般形式的蛋白质。该方法首先选择相关GO项的子集来形成GO向量空间。然后,对于每个蛋白质,该方法使用该蛋白质的登录号(AC)或其同源物的登录号来查找基因本体注释(GOA)数据库中选定GO术语的出现次数,作为构建GO向量以进行支持向量机(SVM)分类的手段。利用GO项频率的优势和一种新的合并有用同源信息的策略,GOASVM可以达到72.2的预测精度
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23376577
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