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iRSpot-PseDNC公司

swMATH ID: 22437
软件作者: Chen,W。;冯,P.-M。;Lin,H。;周,K.-C。
描述: iRSpot-PseDNC:识别假二核苷酸组成的重组点。减数分裂重组是一个重要的生物学过程。作为进化的主要驱动力,重组提供了遗传变异的自然新组合。减数分裂重组不是在基因组中随机发生,而是在一些频率较高的基因组区域(所谓的“热点”)和频率较低的其他区域(所谓“冷点”)进行。因此,热点和冷点的信息将为深入研究重组机制和基因组进化过程提供有用的见解。到目前为止,重组区域主要是通过实验确定的,这既昂贵又耗时。随着后基因组时代产生的基因组序列雪崩,人们迫切希望开发出快速有效识别重组区域的自动化方法。在本研究中,开发了一个名为“iRSpot-PseDNC”的预测因子,用于识别重组热点和冷点。在新的预测器中,DNA序列样本是由一种新的特征载体,即所谓的“伪二核苷酸组成”(PseDNC)配制的,其中包含了六种局部DNA结构特性,即三个角度参数(扭曲、倾斜和滚动)和三个平移参数(移位、滑动和上升)。通过严格的折刀试验观察到,iRSpot-PseDNC获得的总成功率>82
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23303794
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