iLoc病毒

iLoc病毒:一种多标记学习分类器,用于识别病毒蛋白的亚细胞定位,包括单位点和多位点。近二十年来,虽然根据蛋白质序列信息预测蛋白质亚细胞位置的计算方法很多,但它仍然是一个具有挑战性的问题,特别是当系统中同时含有单个和多个位置的蛋白质时。此外,在现有的方法中,很少有人开发专门处理病毒蛋白质,即病毒产生的蛋白质。实际上,了解病毒蛋白在宿主细胞或病毒感染细胞中的亚细胞定位是非常重要的,因为它与它们的破坏倾向和后果密切相关。本文通过引入“多标记尺度”,将基因本体信息与序列进化信息相结合,开发了iLoc病毒预测因子。该方法可用于病毒蛋白的鉴定:(1)病毒衣壳;(2)宿主细胞膜;(3)宿主内质网;(4)宿主细胞质;(5)宿主细胞核;(6)分泌蛋白。iLoc病毒预测器不仅能更准确地预测病毒蛋白在宿主细胞中的定位位置,而且还具有处理病毒蛋白多个位置的能力。作为一个用户友好的网络服务器,iLoc病毒可以在http://icpr.jci.edu.cn/bioinfo/iLoc-Virus免费访问。同时,还提供了如何使用web服务器获得所需结果的分步指南。此外,为了用户的方便,iLoc病毒web服务器还具有接受批量作业提交的功能。iLoc病毒有望成为基础研究和药物开发的高通量工具。


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按年份排序(引用)
  1. Butt,Ahmad Hassan;Rasool,Nouman;Khan,Yaser Daanial:通过将基于统计矩的特征纳入Chou的PseAAC(2019年),预测抗氧化蛋白质
  2. Hussain,Waqar;Khan,Yaser Daanial;Rasool,Nouman;Khan,Sher Afzal;Chou,Kuo Chen:Sprenlc PseAAC:通过Chou的5步规则和通用PseAAC开发的序列模型,用于识别蛋白质中的s-prenylization位点(2019年)
  3. 沈一楠;唐继军;郭飞:结合进化和理化信息识别蛋白质亚细胞定位(2019)
  4. 田宝光;吴,薛;陈,程;邱文英;马,秦;余,斌:融合周氏伪成分,利用小波去噪方法预测蛋白质-蛋白质相互作用(2019)
  5. 张胜利;段欣:蛋白质亚细胞定位的过采样预测和周氏通用PseAAC(2018)
  6. Shatabda,Swakkhar;Saha,Sanjay;Sharma,Alok;Dezhangi,Abdollah:使用进化和结构特征识别噬菌体蛋白位置(2017年)
  7. Jia,Jianhua;Liu,Zi;Xiao,Xuan;Liu,Bingxiang;Chou,Kuo Chen:pSuc-Lys:用PseAAC和集合随机森林法预测蛋白质中赖氨酸琥珀酰化位点(2016)
  8. 焦亚森;杜步峰:利用伪氨基酸组成预测高尔基体驻留蛋白质类型:基于位置特异性物理化学性质的方法(2016)
  9. 焦亚森;杜步峰:利用周氏伪氨基酸组成的一般形式预测高尔基体驻留蛋白类型:最小冗余最大相关特征选择方法(2016)
  10. Fatemi,Mohammad H.;Heidari,Afsane;Gharaghani,Sajjad:使用对接衍生分子描述符预测HIV-1蛋白酶抑制活性(2015)
  11. Golzari,Fahimeh;Jalili,Saeed:VR-BFDT:蛋白质功能预测的基于方差缩减的二元模糊决策树归纳法(2015)
  12. 万世彪;麦文伟;龚,孙媛:基于套索的可解释人类蛋白质亚细胞定位预测因子(2015)
  13. Lyons,James;Biswas,Neela;Sharma,Alok;Dehangi,Abdollah;Paliwal,Kuldip K.:使用核化动态时间扭曲法通过氨基酸残基对齐进行蛋白质折叠识别(2014)
  14. 梅素玉:基于集成的大规模膜蛋白识别迁移学习(2014)
  15. Tahir,Muhammad;Khan,Asifullah;Kaya,Hüseyin:人类和仓鼠细胞系中的蛋白质亚细胞定位:使用荧光显微镜图像的局部三元模式(2014年)
  16. Yang,Lei;Lv,Yingli;Li,Tao;Zuo,Yongchun;Jiang,Wei:人类蛋白质的亚细胞定位特性(2014)
  17. 冯鹏棉;丁辉;陈伟;林浩:用特征选择识别噬菌体病毒蛋白的朴素贝叶斯分类器(2013)
  18. 黄超;袁景琦:利用周氏假氨基酸组成的三种不同模式预测单位点和多位点蛋白质亚叶绿体位置(2013)
  19. Li,Yao Wang;Li,Bo:用QSAR模型表征自由基系统中肽的结构-抗氧化活性关系:关键序列位置及其氨基酸性质(2013)
  20. 肖璇;闵建亮;王璞;周国臣:iCDI-PseFpt:用PseAAC和分子指纹识别细胞网络中的通道药物相互作用(2013)