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iSS Hyb mRMR系统

swMATH ID: 22414
软件作者: 伊克巴尔,M。;M.海亚特。
描述: “iSS-Hyb-mRMR”:使用伪三核苷酸和伪四核苷酸组成的杂交空间识别剪接位点。背景和目的:基因剪接是蛋白质多样性的重要来源。由于外显子通常被内含子打断,因此在真核基因表达中,彻底清除内含子并连接外显子是一项重要任务。通过实验技术鉴定剪接位点是一项复杂而耗时的任务。随着后基因组时代产生的基因组序列雪崩,开发一种自动、稳健和可靠的计算方法来快速有效地识别剪接位点仍然是一项复杂而富有挑战性的任务。方法:在本研究中,提出了一种用于快速准确识别剪接位点的混合模型“iSS-Hyb-mRMR”。两种样本表示方法,即:;采用伪三核苷酸组成(PseTNC)和伪四核苷酸组成(PseTetraNC)从DNA序列中提取数字描述符。混合模型是将PseTNC和PseTetraNC串联而成。为了选择高分辨特征,在混合特征空间中应用了最小冗余最大相关算法。使用各种分类算法(包括K近邻、概率神经网络、一般回归神经网络和拟合网络)测试这些特征表示方法的性能。使用刀切试验分别在两个基准数据集S1和S2上评估其性能。结果:本研究中提出的预测值的准确度为93.26
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27040827
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