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nsiGGM公司

swMATH ID: 22173
软件作者: 金成焕;Jhong,Jae-Hwan;Lee,JungJun;Koo,Ja-Yong;Lee,ByungYong;韩成元
描述: 路径信息引导下的节点结构一体化高斯图形模型。迄今为止,由于生物医学研究的迅速发展,许多与癌症相关的生物途径已被广泛应用。这导致了一项新的技术挑战,即探索和验证能够表征不同疾病亚型转录组机制的生物途径。为了适应多种研究,先前提出了联合高斯图形模型,以纳入非零边缘效应。然而,为了确认生物学意义,该模型不可避免地依赖于事后分析。为了避免这一缺点,我们不仅尝试结合转录组数据,还尝试将通路信息(如已确定的生物学证据)嵌入到模型中。为此,我们提出了一种新的统计框架,用于在多个研究中一致表达信息通路的同时拟合联合高斯图形模型。理论上,结构化节点可以用多个基因预先指定。优化规则采用结构化输入-输出套索模型,以估计由多个研究和结构化节点的同时影响构建的稀疏精度矩阵。通过对乳腺癌数据集的应用,我们发现所提出的模型在有效捕捉生物证据结构(如途径)方面是优越的。作者的网页上公开了R软件包nsiGGM。
主页: https://github.com/jjh0925/nsiGGM网站
源代码:  https://github.com/jjh0925/nsiGGM
依赖项: R(右)
关键词: 生物途径;转录组机制;高斯图形模型
相关软件: 玻璃制品
引用于: 1文件

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