3DNA公司

三维核酸结构分析、重建和可视化软件包。我们提出了一个全面的三维核酸结构分析、重建和可视化软件包3DNA。从蛋白质数据库(PDB)格式的坐标文件开始,3DNA可以处理DNA和RNA结构中的反平行和平行双螺旋、单链结构、三链体、四链体和其他复杂的三级折叠基序。分析程序识别和分类所有碱基相互作用,并对适当碱基对台阶的双螺旋特征进行分类。该程序利用最近推荐的核酸碱基对几何结构描述的参考框架和严格的基于矩阵的方案来计算局部构象参数并根据这些参数重建结构。重建程序产生了核酸的矩形块表示,以及带有磷酸糖主链的全原子模型和出版质量的“标准化”碱基堆积图。提供实用程序来定位结构中的碱基对和螺旋区域,并重新定向结构以实现有效的可视化。基于各种重复序列的X射线衍射测量的规则螺旋模型也可以在程序中生成。

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