整洁

NeAT:一个分析生物网络、集群、类和路径的工具箱。网络分析工具(NeAT)(http://rsat.ulb.ac.be/neat/)提供一个用户友好的web访问,以访问用于网络(图)和簇(例如微阵列簇、函数类等)分析的模块化工具集合。第一组工具支持对图的基本操作(两个图之间的比较、一组输入节点的邻域、路径查找和图形随机化)。另一组程序实现了网络和集群之间的连接(基于图的集群、集团发现和集群到网络的映射)。工具箱还包括检测簇/类之间的重要交叉点的程序(例如,共表达簇与基因功能类簇)。NeAT旨在处理大数据集,并提供一个灵活的工具箱,用于分析存储在各种数据库(蛋白质相互作用、调节和代谢)中或从高通量实验(两个混合、质谱和微阵列)中获得的生物网络。web界面将预定义分析流中的程序互连起来,从而能够解决有关感兴趣网络的一系列问题。每个工具也可以通过为特定分析输入自定义数据来单独使用。NeAT还可以用作web服务(SOAP/WSDL接口),以便设计编程工作流并将其与其他可用资源集成。

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  1. 帕夫洛普洛斯,乔治亚A。;Moschopoulos,查兰帕斯N。;霍珀,肖恩D。;施耐德,莱因哈德;Kossida,Sophia:Jclust:聚类和可视化工具箱(2009)ioport公司