冯伯塔兰菲

von Bertalanffy 1.0:COBRA工具箱扩展,用于热力学约束代谢模型。动机:在基因组尺度代谢化学计量模型的流量平衡分析中,主要的限制因素是摄取或分泌速率、稳态质量守恒假设和反应方向性。在这里,我们介绍了一个算法管道,在多室基因组规模模型中,基于热力学第二定律对每个反应的定量分配。给定实验或计算的标准代谢物种类吉布斯能量和代谢物浓度,算法限定反应吉布斯能量,将其转化为体内pH、温度、离子强度和电位。这个基于COBRA的工具箱被广泛地记录下来,并扩展到基于COBRA的计算分析平台上。可用性:http://opencobra.sourceforge.net

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