DFBA实验室 swMATH ID: 21873 软件作者： 戈麦斯，J；霍夫纳，K；巴顿，P， 描述： DFBAlab：用于动态通量平衡分析的快速可靠的MATLAB代码。背景：动态通量平衡分析（DFBA）是生化过程的动态模拟框架。DFBA可以使用不同的方法执行，例如静态优化（SOA）、动态优化（DOA）和直接方法（DA）。现有的模拟器很少能解决非均匀交换通量或不可行线性规划（LP）的理论和实际挑战。这两者都是这些模拟器常见的故障和效率低下的原因。结果：DFBAlab是一个基于MATLAB的模拟器，它使用LP可行性问题来获得扩展系统，并使用字典优化来产生唯一的交换通量。DFBAlab能够快速可靠地模拟多种复杂的动态培养，包括微分代数方程（DAE）系统。此外，DFBAlab的运行时间与物种模型的数量成线性关系。文中给出了三个实例，比较了COBRA、DyMMM和DFBAlab的性能。结论：词汇优化用于确定一个定义明确的动态系统所必需的唯一交换通量。DFBAlab在数值积分过程中不会因不可行LP而失败。通过DFBAlab中的LP可行性问题获得的扩展系统提供了一个可用于优化算法的惩罚函数。 主页： https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-014-0409-8 依赖项： Matlab公司 相关软件： Matlab公司；利比亚中央银行；CPLEX公司；JuMP公司；安提戈内；BARON公司；朱莉娅；伊波特；COBRApy公司；米特拉德；MoNeRe公司；COBRA工具箱；通信统计局；KEGG公司；iDynoR公司；菲比；达科塔；CRAIG公司；雷神之锤；svd包 引用于： 6文件 全部的 前5名13位作者引用 三 保罗·巴顿。 2 卡米尔·汗。 1 阿米尔·阿克巴里 1 何塞·阿尔贝托·戈麦斯 1 斯图亚特·哈伍德。 1 凯·霍夫纳 1 拉蒂夫，Majid jun。 1 五月，Elebeoba E。 1 斯蒂芬·诺克 1 宋英凯 1 埃里克·冯·利尔斯 1 沃尔夫冈·维切特 1 赵，肖 5篇连载文章中引用 2 最优化理论与应用杂志 1 数学生物学杂志 1 数学生物学通报 1 MCSS公司。控制、信号和系统数学 1 数学编程。A系列B系列 在4个字段中引用 5 运筹学、数学规划（90-XX） 2 数值分析（65-XX） 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 系统论；控制（93至XX） 按年份列出的引文