DELENSEMBLELEC公司

delensemblelec:使用DelPhi计算整体平均静电。提出了一个新的VMD插件,它与DelPhi接口,使用Poisson-Boltzmann方程提供系综平均静电计算。讨论了该方法的一般原理和背景,并给出了插件接口和计算实例。这一新工具被应用于当前生物感兴趣的系统中,从显式溶剂化全原子分子动力学轨迹获得了两种主要流感病毒糖蛋白血凝素和神经氨酸酶的系综平均静电性质。这些例子详细分析了系综平均静电学与从单个结构获得的静电学之间的差异,揭示了插件如何成为促进生物系统中静电相互作用建模的有力工具。