模拟人生

分子表面光滑不变的计算。提出了一种计算光滑不变分子点曲面的新方法SIMS。SIMS方法通过滚动两个探针球来生成光滑的分子表面。一个溶剂探针球在分子上滚动,产生一个Richards-Connolly分子表面(MS),它包围了分子的溶剂排除体积。在深裂缝中,康诺利计算MS的方法有两个缺陷。首先,它产生了分子表面的自相交部分,必须去除这些部分才能得到正确的MS。其次,正确的MS不是光滑的,即MS的法向量的方向不是连续的,MS的某些点是奇异的。提出了一种去除自相交部分和平滑奇异区域的精确方法,通过在奇异MS的内侧滚动一个光滑的探针球来平滑奇异MS,用光滑探针球的可重入曲面代替奇异点附近的MS。光滑化方法不干扰奇异MS的拓扑结构,光滑MS能更好地逼近高介电溶剂和低介电分子内部的介电边界。SIMS方法生成一个光滑的分子点表面,它在分子表面上两个正交方向上具有准均匀的点分布,在分子构象变化时不随分子旋转而变化,并可用于各种模拟溶剂效应的隐式方法中。SIMS程序比Connolly-MS程序更快,在几秒钟内就可以生成200个残基蛋白质的平滑点MS。该程序可从作者处索取(见http:@femto.med.unc.edu/SIMS)。

此软件的关键字

这里的任何内容都将在支持canvas元素的浏览器上被替换