力矩UHMM

动物运动广义隐马尔可夫模型的momentuHMM:R包。离散时间隐马尔可夫模型(HMMs)已经成为从遥测数据推断潜在动物行为的一种非常流行的工具。这里我们介绍一个开源的R包momentuHMM,它解决了现有HMM软件中的许多缺陷。其特点包括:1)数据预处理和可视化;2)用户指定的无限数量数据流和潜在行为状态的概率分布;3)有偏和相关的随机行走运动模型,包括与吸引力或排斥力相关的“活动中心”;4) 用户指定的设计矩阵和约束,用于使用大多数R用户熟悉的公式进行参数的协变量建模;5)多种插补方法,可解释测量误差和时间不规则或缺失的数据;6)时空协变量栅格数据的无缝集成;7)用于周期性和周期性的余弦和样条曲线模型其他复杂模式;8)模型检查和选择;9)模拟。momentuHMM极大地扩展了现有HMM软件的功能,同时也解决了与遥测数据相关的常见问题。因此,它有助于更现实的假设驱动的动物运动分析,迄今为止,非统计学家基本上无法进行这些分析。虽然受到遥测数据的激励,但该软件包可用于分析任何类型的数据,这些数据都适用于HMMs。鼓励作者联系其他功能的实践者