生物红宝石 swMATH ID: 21661 软件作者： 片山，Toshiaki；川岛，水池；佐伊萨·戈托（Naohisa Goto）；Mitsuteru C.Nakao。；Okuji，Yoshinori K。；Minoru Kanehisa；Dunker，A.K。；Konagaya，A。；宫野，S。；Takagi，T。 描述： BioRuby：Ruby的开源生物信息学库。BioRuby是一个用于开发生物信息学软件的开源Ruby库。面向对象的脚本语言Ruby有许多适合生物信息学研究的特性，例如，表达复杂对象的清晰语法、用于文本处理的正则表达式（如Perl）、各种各样的库（包括web服务）等。由于Ruby语言的语法简单且非常干净，我们相信它对于初学者来说很容易学习，对于生物学家来说很容易使用，对于软件开发人员来说也足够强大。在BioRuby中，您可以从平面文件、互联网web服务器和本地关系数据库中检索生物数据库条目。可以解析这些数据库条目以提取所需的信息。生物序列可以用Ruby的String类的实现方法和正则表达式来处理。日常工具，如Blast、Fasta、Hmmer和许多其他用于生物分析的软件，都可以在BioRuby脚本中执行，并且可以对结果进行完全解析以提取所需的部分。BioRuby支持主要的生物数据库格式，并通过平面文件索引、SQL、web服务等提供了多种访问方式。BioRube可以轻松使用各种web服务，包括KEGG API。 主页： http://bioruby.org/ 相关软件： 生物钟;生物蟒蛇;Omics管道;水蟒;IPython公司;PyPI公司;生物SQL;生物爪哇;拉夫斯;KNIME公司;塔维纳;生物物理;树皮;科学Py;ProDy公司;佩尔;生物导体;MMTK公司;PyMOL公司;PyCogent公司 引用于： 1文件 2位作者引用 1 丹尼斯·阿列克谢维奇·卡里亚金 1 弗拉基米尔·阿列克桑德罗维奇（Vladimir Aleksandrovich） 连载1篇 1 萨拉托夫斯科戈大学。Novaya Seriya。Seriya Matematika、Mekhanika、Informatika 在1个字段中引用 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文