红宝石

BioRuby:Ruby的开源生物信息学库。BioRuby是一个用于开发生物信息学软件的开源Ruby库。面向对象脚本语言Ruby有许多适合生物信息学研究的特性,例如,表达复杂对象的清晰语法,Perl一样强大的文本处理正则表达式,包括web service在内的多种库,因为Ruby语言的语法简单而干净,我们相信它对于初学者来说很容易学习,对于生物学家来说很容易使用,而且对于软件开发人员来说也足够强大。在BioRuby中,可以从平面文件、internet web服务器和本地关系数据库中检索生物数据库条目。需要解析这些数据库条目。生物序列可以用Ruby的String类的实现方法和正则表达式来处理。诸如Blast、Fasta、Hmmer和许多其他生物分析软件都可以在BioRuby脚本中执行,并且可以对结果进行完全解析,以提取您需要的部分。BioRuby支持主要的生物数据库格式,并通过flatfile索引、SQL、web services等提供多种访问方式。BioRuby可以轻松地使用包括KEGG API在内的各种web服务。


zbMATH中的参考文献(参考文献5条)

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按年份排序(引用)

  1. 特维尔多赫莱博夫,弗拉基米尔·阿列克山德罗维奇;Karyakin,Denis Alekseevich:遗传序列结构的分类和识别(2019)
  2. Berk Ekmekci,Charles E.McAnany,Cameron Mura:生物科学家编程导论:基于Python的初级读本(2016)阿尔十四
  3. 韩,米拉五世。;Zmasek,Christian M.:Phyloxml:进化生物学和比较基因组学的XML(2009)IO端口
  4. 去吧,直濑;中岛,三叶町。;川岛,石池;Katayama,Toshiaki;Kanehisa,米诺鲁;邓克,A.K。;科纳加亚。;宫野。;Takagi,T.:Bioruby:开源生物信息学库(2003)IO端口
  5. Katayama,Toshiaki;川岛、水池;去吧,直濑;中岛,三叶町。;大久治,吉野幸男。;Kanehisa,米诺鲁;邓克,A.K。;科纳加亚。;宫野。;Takagi,T.:Bioruby:面向对象的生物信息学开源库(2002)IO端口