NDP工具 swMATH ID: 21555 软件作者： 克里斯托夫·德鲁尔斯（Christophe Deroulers）、大卫·阿梅森（David Ameisen）、马蒂尔德·巴杜尔（Mathilde Badoual）、克洛伊·杰林（ChloéGerin）、亚历山大·格拉尼尔（Alexandre Granier）、马克·拉托德（ 说明： 使用开源软件分析巨大的病理图像。数字病理图像越来越多地用于诊断和研究，因为幻灯片扫描仪现在广泛可用，并且这些图像的定量研究产生了系统生物学的新见解。然而，这样的虚拟幻灯片构成了一个技术挑战，因为图像通常占用数GB，并且无法在计算机内存中完全打开。此外，没有标准格式。因此，大多数常见的开放源码工具（如ImageJ）无法处理它们，而其他工具需要昂贵的硬件，但速度仍然非常慢。Res：我们开发了几个跨平台开源软件工具来克服这些限制。NDPITools提供了一种方法，可以将最初松散支持的NDPI格式的显微镜图像转换为一个或多个标准TIFF文件，并以各种TIFF和JPEG格式创建镶嵌（将大图像分割为小图像，有或没有重叠）。它们可以通过ImageJ插件驱动。LargeTIFFTools为不适合RAM的大型TIFF图像实现了类似的功能。我们在几个数字幻灯片上测试了这些工具的性能，并将其与标准软件进行了比较（如果适用）。在普通笔记本电脑上对少突胶质瘤组织样本中的细胞进行了统计研究，以证明这些工具的效率。Concl：我们的开源软件能够在普通计算机上用标准软件处理巨大的图像。我们的工具是跨平台的，独立于专有库，并且非常模块化，允许在其他开源项目中使用。它们在执行速度和RAM要求方面具有出色的性能。它们为想要研究单个幻灯片的临床医生和在计算机集群上对多张幻灯片进行图像分析的研究团队或数据中心提供了有希望的前景。 主页： https://www.imnc.in2p3.fr/pagesperso/deroulers/software/ndpitools/ 关键词： 定量方法;arXiv q-bio.QM;arXiv公司;开源软件;数字病理学;图像处理;虚拟幻灯片;系统生物学;图像J;NDPI公司 相关软件： libjpeg-turbo;自由TIFF;图形Magick;图像Magick;图像J;认知大师 引用于： 0个文档