LBIBCell公司

LBIBCell:一个基于细胞的形态发生模拟环境。动机:形态发生问题的模拟需要同步和耦合模拟信号和组织动力学。组织域的细胞分辨率对于充分描述基于细胞的事件(如细胞分裂、细胞-细胞相互作用和空间受限信号事件)的影响非常重要。因此需要一个紧密耦合的基于细胞的机械调节模拟工具。结果:我们开发了一个用于形态发生问题的开源软件框架。环境为组织和信号模型提供核心功能。此外,该软件还提供了极大的灵活性来添加自定义扩展和生物驱动的过程。细胞被表示为高分辨率,无质量的弹性多边形;组织的粘性特性由牛顿流体模拟。在IBCell模型的基础上,采用浸没边界法来模拟单元的粘弹性相互作用。用格子Boltzmann方法求解流体和信号过程。作为应用实例,我们模拟信号依赖的组织动力学。可用性和实现:文档和源代码可在http://tanakas.bitbucket.org/lbibcell/index.html