分段3返回 swMATH ID: 21077 软件作者： Alice Cleynen、Michel Koskas、Emilie Lebarbier、Guillem Rigaill、Stephane Robin 说明： Segmentor3IsBack：用于快速准确分割Seq-data的R包。基因组注释是生物学中的一个重要问题，长期以来，基因预测方法和需要生物学专业知识的人工实验一直在解决这个问题。扩展的下一代测序技术及其提高的精度为该领域提供了一种新的方法：对RNA-Seq数据进行分段以确定基因边界。由于其几乎是线性复杂度，我们建议将CGH阵列的性能得到认可的修剪动态规划算法用于Seq实验输出。这需要算法适应负二项分布，我们用它来建模数据。我们表明，如果信号中的色散已知，则可以使用PDP算法，并且我们提供了该色散的估计量。然后，我们建议使用预言惩罚来估计与基因组编码或非编码区域相关的片段数量。我们在一个真实的数据集上演示了我们的方法的结果，并显示了它的良好性能。我们的算法在CRAN存储库中以R包的形式提供 主页： https://cran.r-project.org/web/packages/Segmentor3IsBack/index.html 源代码： https://github.com/cran/Segmentor3IsBack网站 依赖项： R（右） 相关软件： 变点;工作分解结构;R（右）;FDR标签;步进R;不;电子控制面板;结构改变;中央处理器;cumSeg公司;早餐;变更点.np;CRAN（起重机）;卡普什;cghseg公司;fpop（浮式平台）;摩西;I检测;HSMUCE公司;KernSeg公司 引用于： 5文件 全部的 前5名15位作者引用 2 彼得·弗里兹莱维奇 1 拉斐尔·巴拉诺夫斯基 1 卡琳·伯廷 1 阿兰·塞利斯 1 陈一宁 1 科利利厄，泽维尔 1 埃米莉·勒巴比尔 1 Madrid-Padilla，奥斯卡·赫南 1 吉列梅特·马洛特 1 克里斯蒂安·梅扎 1 皮埃尔·让，M。 1 G.J.里盖尔。 1 亚历山德罗·里纳尔多 1 王大仁 1 Yu、Yi 5篇连载文章中引用 1 统计计算与模拟杂志 1 计算统计与数据分析 1 英国皇家统计学会杂志。B.系列统计方法 1 韩国统计学会杂志 1 电子统计杂志 在2个字段中引用 5 统计学（62-XX） 1 概率论与随机过程（60-XX） 按年份列出的引文