模式猎手

PatternHunter:更快更敏感的同源搜索。动机:基因组学和蛋白质组学研究通常依赖于基于寻找短种子匹配策略的同源性搜索,然后进行扩展。基因组数据爆炸式增长给DNA同源性搜索技术带来了一个两难的问题:增大种子大小会降低灵敏度,而减小种子大小则会降低计算速度。结果:我们提出了一种新的同源搜索算法PatternHunter,它使用了一种新的种子模型来提高灵敏度,并使用了新的命中处理技术来显著提高速度。在高度敏感的情况下,PatternHunter能够在桌面上找到与人类染色体一样大的序列之间的同源性。可用性:PatternHunter可以在http://www.bioinformationalsolutions.com上获得,作为一个商业软件包。它运行在所有支持Java的平台上。PatternHunter技术正在申请专利;商业使用需要BSI的许可,而非商业使用则是免费的。


zbMATH中的参考文献(参考 36篇文章 36篇,1标准件)

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按年份排序(引用)
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  11. Egidi,Lavinia;Manzini,Giovanni:使用二次剩余的更好间隔种子(2013)
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  19. Battaglia,Giovanni;Cangelosi,Davide;Grossi,Roberto;Pisanti,Nadia:序列中的掩蔽模式:一种新的母题发现与不关心(2009)
  20. 荷马,尼尔斯;梅里曼,巴里;纳尔逊,斯坦利F.:双碱基编码DNA序列的局部比对(2009)ioport公司