软件搜索-zbMATH Open

图案猎人

swMATH ID:	20963
软件作者：	Ma，B.，Tromp，J.，Li，M。
描述：	PatternHunter：更快更灵敏的同源搜索。动机：基因组学和蛋白质组学研究通常依赖于基于寻找短种子匹配的策略的同源性搜索，然后进行扩展。基因组数据的爆炸式增长给DNA同源性搜索技术带来了一个难题：增加种子大小会降低灵敏度，而减少种子大小会减慢计算速度。结果：我们提出了一种新的同源搜索算法“PatternHunter”，该算法使用新的种子模型来提高灵敏度，使用新的点击处理技术来显著提高速度。在Blast的灵敏度水平上，PatternHunter能够在桌面上仅用几个小时就找到与人类染色体大小相同的序列之间的同源性。可用性：PatternHunter位于http://www.bioinformaticssolutions.com，作为商业包装。它在所有支持Java的平台上运行。PatternHunter技术正在申请专利；商业使用需要BSI的许可，而非商业使用则是免费的。
主页：	https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11934743
相关软件：	SHRiMP公司；BLAT（爆炸）；消音器；拉根；香皂；BLASTZ公司；BWA公司；爆炸；PSI-爆炸；YASS公司；AVID公司；T-咖啡；蝴蝶结2；BFAST公司；ClustalW公司；贝叶斯先生；DIALIGN公司；缩放；PipMaker软件；CUSHAW公司
引用于：	29文件

1出版物描述软件	年份
Patternhunter II：高灵敏度和快速同源性搜索李明；马斌；德里克·基斯曼（Derek Kisman）；约翰·特隆普；Dunker，A.K。；Konagaya，A。；宫野，S。；Takagi，T。	2003

三	马斌
三	乔瓦尼·曼齐尼
三	唐纳德·E·K·马丁。
2	布兰切特·萨德里（Francine Blanchet-Sadri）
2	马特奥·科明
2	拉维尼亚·埃吉迪
2	萨缪尔·吉洛托
2	李明
2	不，洛朗
2	纳迪亚·皮桑蒂
2	辛齐亚·皮齐
1	巴尔，迪帕克
1	乔瓦尼·巴塔利亚
1	塞巴斯蒂安·比尼
1	弗雷德里克·博伊尔
1	大卫·坎格洛西
1	黄果秋
1	Choi，Jeong-Hyeon先生
1	崔国培
1	阿拉尔·佩雷拉，拉戈
1	穆拉德·埃卢米
1	马丁·法拉奇·科尔顿
1	贾斯汀·福勒
1	乔舒亚·加夫尼（Joshua D.Gafni）。
1	崔维斯·盖吉
1	玛尔塔·哥尔达
1	罗伯托·格罗西
1	科斯塔斯·S·伊利奥普洛斯。
1	Jeong，In-Seon公司
1	Kang，Seungho先生
1	乌里凯奇
1	乔纳森·基思（Jonathan M.Keith）。
1	格雷戈里·库切洛夫
1	Lam，Tak-Wah公司
1	Gad M.兰道。
1	Lim，Hyeong-Seok先生
1	林，吉米
1	刘永超
1	弗朗索瓦·尼古拉斯
1	京武公园
1	皮埃尔·佩特隆戈
1	穆罕默德·索赫尔·拉赫曼
1	对手，埃里克
1	法国玛丽·萨戈特
1	米卡·萨尔森
1	贝蒂尔·施密特
1	丹尼斯·沙沙（Dennis E.Shasha）。
1	沈，卡罗尔
1	沈，托尼
1	乔塔姆·西索迪亚
1	宋永健
1	谭小龙
1	Toivonen，Hannu T.T。
1	海莱内·图泽特
1	约翰·特隆普（John T.Tromp）。
1	德克尔·特苏尔
1	丹尼尔·瓦伦苏埃拉
1	克里斯托弗·弗兰德
1	王，詹森·曾莉
1	Kevin H·威尔逊。
1	黄志光
1	姚宏毅
1	姚小明
1	穆罕默德·贾维德·扎基
1	张楼新
1	阿尔伯特·Y·佐马亚。