CAVER公司 swMATH ID: 20702 软件作者： 安东宁·帕维尔卡、伊娃·塞贝索娃、巴博拉·科兹利科娃、扬·布列佐夫斯基、吉里·索科尔、吉里·丹博斯基 描述： CAVER：用于分析大分子隧道动力学的算法。大分子的生物功能通常需要小分子或离子通过其结构进行运输。运输路径通常穿过结构中的空隙空间。运输路径的特性随时间发生显著变化；因此，为了理解通路的功能，需要从分子动力学而不是单个静态结构来分析轨迹。由于大分子形状的高度复杂性和多样性、其原子的热运动以及正确描述蛋白质结构的构象空间所需的大量构象，运输途径的识别和分析具有挑战性。在本文中，我们描述了用于识别和分析静态和动态结构中运输路径特性的CAVER 3.0算法的原理。此外，我们还介绍了最新CAVER 3.02版本中包含的用于查找大分子隧道的改进聚类解决方案。Voronoi图用于识别分子动力学轨迹的每个快照中的潜在路径，然后使用聚类从不同快照中找出隧道之间的对应关系。此外，还计算并可视化了路径的几何特性及其在时间上的演化。 主页： http://dl.acm.org/citation.cfm？id=2992866 相关软件： QTFier公司;BetaConcept公司;BetaVoid公司;BetaSCPWeb平台;肥胖症;VRONI公司;LEDA公司;CGAL公司 引用于： 1文件 3位作者引用 1 Kim、Deok-Soo 1 李莫昆 1 高基町杉原 连载1篇 1 ACM数学软件汇刊 在2个字段中引用 1 数值分析（65-XX） 1 计算机科学（68至XX） 按年份列出的引文