KMC公司 swMATH ID: 20510 软件作者： Deorowicz，S.、Kokot，M.、Grabowski，S.和Debudaj，A 描述： KMC-K-mer计数器是一种实用程序，用于计算基因组测序项目中的一组读取数据中的K-mer（连续K个符号的序列）。K-mer计数对于许多生物信息学应用非常重要，例如开发de Bruijn图形汇编器。构建de Bruijn图是利用第二代测序器数据进行基因组组装的常用方法。不幸的是，排序错误（在实践中经常发生）导致deBruijn图需要大量内存，并且构建时间很长。处理此问题的一种流行方法是过滤输入读取，从而丢弃唯一的k-mer（很可能是由于错误而获得的）。因此，KMC扫描原始读取，并生成所有非唯一读取的紧凑表示，以及它们的出现次数。KMC中实现的算法主要使用磁盘空间，而不是RAM，这使得即使在相当典型的个人计算机上也可以使用KMC。当在高端服务器上运行时（这是KMC竞争对手所必需的），它在内存需求和计算速度方面都优于他们。计算所需的磁盘空间按照输入数据的大小排序（通常较小）。 主页： http://sun.aei.polsl.pl/REFRESH/index.php？page=projects&project=kmc&subpage=about 相关软件： github；海怪；最小值2；获胜；天鹅绒；乌龟；SPAdes系列；马什；仪表；去GSM；沙土鼠；亚当；MaSuRCA公司；SDSL公司；VARI公司；GATB公司；彩虹鱼；MetaProb公司；SAKEIMA公司；ntCard（nt卡） 引用于： 10文件 全部的 前5名27位作者引用 2 卡尔·金斯福德 2 保罗·梅德韦杰夫 2 阿马图·拉赫曼 2 郑宏宇 1 阿莫达雷西，法特梅 1 邦妮·伯杰 1 克里斯蒂娜·鲍彻 1 Rayan Chikhi 1 巴尔·什·爱基姆 1 托马斯·法卡什 1 崔维斯·盖吉 1 Hoang，Minh A。 1 彼得·库班 1 阿兰·库内尔 1 本·兰米德 1 刘文丽 1 马里亚·勒卡 1 乔瓦尼·曼齐尼 1 纪尧姆马赛 1 塔希尔门 1 亚龙·奥伦斯坦 1 普拉珊·库马尔·潘迪 1 罗伯·帕特罗 1 莱昂纳多·佩莱格里娜 1 辛齐亚·皮齐 1 法比奥·范丁 1 吴庆彪 连载1篇 1 应用数学。B系列（英文版） 在3个字段中引用 10 生物学和其他自然科学（92-XX） 三 计算机科学（68至XX） 1 组合数学（05-XX） 按年份列出的引文