Tmod公司 swMATH编号： 20498 软件作者： 孙汉昌；元，元；吴一波；刘慧；Liu，Jun S。；谢洪伟 描述： Tmod：主题发现工具箱。摘要：基序发现是计算转录调控研究中的一个重要课题。在过去的十年中，许多研究人员对该领域做出了贡献，并且开发了许多从头开始的图案填充工具，每种工具的强度可能不同。然而，这些工具大多没有用户友好的界面，其结果也不容易比较。我们为Windows操作系统提供了一个名为Motif Discovery工具箱（Tmod）的软件。当前版本的Tmod集成了12个广泛使用的基序发现程序：MDscan、BioProspector、AlignACE、Gibbs motif Sampler、MEME、CONSENSUS、MotifRegressor、GLAM、motif Simpler、SeSiMCMC、Weeder和YMF。Tmod提供了一个统一的界面，以简化这些程序的使用，并帮助用户了解调整参数。它允许插件主题查找程序单独运行或以具有预定参数的批处理模式运行，并提供由多个程序的输出组成的摘要。Tmod是在Microsoft基础类和Cygwin的支持下用C++开发的。Tmod也可以很容易地扩展到包括未来的算法。可用性：Tmod可从以下网址下载网址：http://www.fas.harvard.edu/～军柳/Tmod/ 主页： http://www.people.fas.harvard.edu/~junliu/Tmod公司/ 相关软件： 引用于： 0个文档