R/qtl

R/qtl是一个可扩展的交互式环境,可用于定位实验杂交的数量性状位点(qtl)。它是作为一个可免费获得并广泛使用的统计语言/软件R的附加包实现的(见R项目主页)。该软件作为R的附加软件的开发,使我们能够充分利用R提供的基本数学和统计功能以及强大的图形功能。此外,用户将受益于将QTL作图软件无缝集成到通用统计分析程序中。我们的目标是使复杂的QTL作图方法更易于使用,并允许用户专注于建模而不是计算。QTL定位计算方法的一个重要组成部分是处理缺失基因型数据的隐马尔可夫模型(HMM)技术。我们实现了主要的隐马尔可夫模型算法,允许存在基因型错误,回交,交叉和相位已知的四元杂交。当前版本的R/qtl包括通过区间作图(使用EM算法)、Haley-knot回归和多重插补来估计遗传图、识别基因分型错误、执行单qtl基因组扫描和两个qtl二维基因组扫描的设施。所有这些都可以在存在协变量(如性别、年龄或治疗)的情况下进行。也可以通过多重插补和Haley-knot回归拟合高阶QTL模型。R/qtl是作为unix的源代码或Windows或Mac的编译代码分发的。根据GNL/QTU通用许可证发布。要下载软件,您必须同意该下载中的条款。


zbMATH参考文献(13篇文章引用)

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