斯塔尔

斯塔尔:Affymetrix芯片数据的简单拼接阵列分析。染色质免疫沉淀结合DNA微阵列(ChIP-ChIP)是一种检测DNA蛋白结合或翻译后染色质/组蛋白修饰的方法。与所有高通量技术一样,它需要对数据进行彻底的生物信息处理,而目前还没有标准。主要目标是可靠地识别和定位结合特定蛋白质的基因组区域。第二步包括比较功能相关蛋白质的结合谱,或同一蛋白质在不同遗传背景或环境条件下的结合谱。最终,人们希望获得一个关于DNA结合事件对基因表达的影响的机制性理解。我们提供了一个免费的、开源的R软件包Starr,与Ringo软件包相结合,有助于跨实验和不同微阵列平台对芯片数据进行比较分析。核心功能是数据导入、质量评估、数据的标准化和可视化,以及芯片富集基因组区域的检测。使用常见的生物导体类确保与其他R包的兼容性。最重要的是,Starr提供了整合互补基因组学数据的方法,例如,它能够系统地研究基因表达与dna结合之间的关系。

zbMATH中的参考文献(参考文献2条)

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  1. 撒切尔,本尼迪克;关佩芬;Tresch,Achim:Starr:affymetrix芯片数据的简单平铺阵列分析(2010)ioport公司
  2. Benedikt Zacher,Achim Tresch:Starr:Affymetrix芯片数据的简单平铺阵列分析(2009)阿尔十四