嘎嘎

Gaggle:一个集成生物信息学软件和数据源的开源软件系统。背景:系统生物学家使用各种软件工具处理来自不同来源的多种数据。这些工具中的每一种通常都擅长于一种类型的分析,例如微阵列、代谢网络和预测的蛋白质结构。将这些数据和其他数据集的复杂性和其他数据集相结合是一个关键的挑战。解决这个问题的方法应该认识到,在这个生物高通量时代,数据类型、格式和软件都在不断变化。结果:在本文中,我们描述了Gaggle——一个简单的、开源的Java软件环境,它有助于解决软件和数据库集成的问题。在关注点分离的经典软件工程策略和语义灵活性策略的指导下,它将现有的流行程序和web资源集成到一个用户友好、易于扩展的环境中。我们演示了四种简单的数据类型(名称、矩阵、网络和关联数组)足以将不同的数据库和软件组合在一起。我们通过对幽门螺杆菌致病基因的探索,突出了Gaggle的一些功能,我们在其中识别了一种假定的蓖麻毒素样蛋白——这一发现是通过同时使用大量公开数据和各种流行的生物信息学软件工具进行数据探索而实现的。结论:我们集成了多种数据库(如KEGG、BioCyc、String)和软件(Cytoscape、DataMatrixViewer、R统计环境和TIGR微阵列表达查看器)。通过不同软件和数据库的松散耦合,Gaggle能够同时探索实验数据(mRNA和蛋白质丰度、蛋白质-蛋白质和蛋白质-DNA相互作用)、功能关联(操纵子、染色体接近性、系统发育模式),代谢途径(KEGG)和Pubmed摘要(STRING web resource),为“网络浏览器和电子表格生物学家”、对统计有头脑的计算生物学家以及介于两者之间的人创造了一个探索性的环境。Gaggle使用javarmi和javawebstart技术,可以在http://Gaggle.systemsbiology.net上找到。

zbMATH参考文献(参考 4篇文章 参考)

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  1. Doderer,Mark;Yoon,Kihoon;Robbins,Kay A.:SIDEKICK:基因组数据驱动分析和决策框架(2010)ioport公司
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