傀儡

GOLEM:一个交互式的基于图形的基因本体导航和分析工具。背景:基因本体已经成为分析基因组数据和构建生物知识的一个非常有用的工具。已经开发了几种用于导航基因本体的优秀软件工具。然而,目前还没有一个系统提供基于图形的交互式可扩展的基因本体层次结构视图。此外,大多数现有工具都是基于web的或需要互联网连接的,不会加载本地注释文件,并且提供分析或可视化功能,但不能同时提供这两种功能。结果:为了克服上述局限性,我们开发了GOLEM(基因本体局部探索图),一个用于基因本体图集中探索的可视化分析工具。GOLEM允许用户动态地扩展和聚焦基因本体层次结构的局部图结构在任何所选术语的邻域中。它还支持快速分析基因输入列表,以找到丰富的基因本体术语。GOLEM应用程序允许用户在没有互联网连接的情况下使用本地基因本体和注释文件,或者从基因本体网页访问最新的本体和注释信息。GOLEM支持通过基因本体术语名、基因本体id和基因名进行全局和特定生物体的搜索。结论:GOLEM是一个有用的软件工具,生物学家有兴趣可视化基因本体层次结构的局部有向无环图结构,并搜索富含感兴趣基因的基因本体术语。它可以作为应用程序和applet在http://function.princeton.edu/GOLEM。

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zbMATH中的参考文献(参考文献4条)

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  1. 帕尼格拉希,普里亚P。;Singh,Tiratha Raj:使用微阵列基因表达和网络数据对阿尔茨海默病相关途径和调控模式的计算研究:揭示了与衰老和其他疾病的关联(2013)
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  3. Ricardo Vencio,Ilya Shmulevich:ProbCD:分类不确定性的浓缩分析(2007)阿尔十四
  4. êncio,里卡多锌;Shmulevich,Ilya:Probcd:分类不确定性的浓缩分析(2007)ioport公司