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树QA

swMATH ID: 20041
软件作者: Pan、F.、L.McMillan、F.Pardo Manuel de Villena、D.Threadgill、W.Wang
描述: TreeQA:使用局部完美系统发育树进行定量全基因组关联映射。现代遗传学中全基因组关联(GWA)作图的目的是确定基因组中有助于遗传复杂表型(如形态或疾病)的基因或狭窄区域。在现有的方法中,基于树的关联映射方法与基于单个标记和单倍型的方法相比具有明显的优势,因为它们将基因组进化历史的信息纳入分析中。然而,现有的基于树的方法主要是为从病例/对照研究中获得的二元表型设计的,或者无法扩展全基因组。在本文中,我们介绍了TreeQA,一种定量的GWA映射算法。TreeQA利用在没有历史重组证据的基因组区域构建的局部完美系统发育。通过有效的算法设计和实现,TreeQA可以有效地进行定量全基因组关联分析,并且比以前的方法更有效。我们在模拟数据集和小鼠近交系上进行了大量实验,以证明TreeQA的效率和有效性。
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19209719
相关软件: 加迈尔;HTreeQA公司;树LD;TATES公司;SNP统计;单倍统计;pi-MASS公司;SNPassoc公司;PLINK公司
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