生殖细胞

GemCell:一个通用的多细胞生物系统建模平台生物信息的数量和复杂性需要计算机辅助模拟和分析,以帮助科学家理解和指导实验。虽然生物体是由细胞组成的,但实际的基因组和蛋白质组学数据还没有得到令人满意的工作细胞模型。我们已经着手设计一个用户友好的通用平台,GemCell,用于基于整体功能单元的通用可执行单元建模。从细胞开始简化生命,因为所有细胞基本上都表达五种类型的行为:复制、死亡、运动(包括形状变化和粘附)、输出(分泌、信号等)和输入(接收信号、代谢物、吞噬作用等)。这些行为的细节在GemCell中被指定为特定种类的细胞,作为生物特性数据库(DBS)的一部分,DBS指定了依赖于细胞的历史、状态、环境等的细胞属性和功能。DBS以直观的方式设计,因此用户能够方便地插入他们的数据兴趣。使用statechart构建的GemCell的通用部分是一个完全动态的单元模型,它与环境的交互作用以及由此产生的行为,无论是单独的还是集体的。模型的特殊性来自于数据库,因此模型的执行由状态图来执行,借助于从数据库中动态提取的特定数据来执行。我们的长期目标是使GemCell成为一个广泛适用的生物建模和分析平台,支持各种生物系统的硅实验、动画、涌现特性发现和假设检验等用户友好的平台。

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