鲁姆德

RUMD:一个通用的分子动力学软件包,优化后利用GPU硬件减少到几千个粒子。RUMD是一个在图形处理单元(GPU)上运行的通用、高性能分子动力学(MD)模拟软件包。RUMD解决了在模拟中小型系统大小(大约从几千到十万个粒子)时利用现代GPU硬件的许多核心特性的挑战。它的性能在大系统规模下与其他GPU-MD代码相比具有可比性,在较小的系统规模下则明显更好。RUMD是开源的,由一个用C++编写的库和一个C的CUDA扩展、一个易于使用的Python接口和一组用于设置和模拟后数据分析的工具组成。本文介绍了RUMD的主要特性、优化和性能基准