QNet公司

QNet:一个基于四分位数估计系统发生网络的软件包。QNet是一个用Java编写的软件包,它包含从四方数据生成系统发育网络的方法,如文[1]所述。该方法以给定数据集的所有四叉树拓扑的集合以及每个拓扑的分支长度作为输入。这些分支长度必须由用户预先计算。软件包中包含两个生成四重奏重量数据的简单应用程序。GWeight利用统计几何[2]生成四重奏权重。LengthWeighter是树形拼图软件[3]的前端,用于生成似然四重奏权重。利用四重奏数据,QNet采用凝聚的方法构造了一个平面分裂网络,它总结了四重奏所描述的关系。生成的网络以Nexus格式输出,以便使用SplitsTree软件包[4]进行可视化。filter应用程序可用于降低网络的复杂性,以便于结果的可视化和解释。


zbMATH中的参考文献(参考文献11条)

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按年份排序(引用)

  1. 波莫哈马迪,哈迪;扎奇,莫森·萨尔达里;Ghaneai,Hossein:NCHB:基于高度函数和二值化的有根三胞胎构建有根系统发育网络的方法(2020)
  2. 胡贝尔,凯瑟琳T。;穆尔顿,文森特;萨梅尔,查尔斯;吴涛:一级网络的Quarnet推理规则(2018)
  3. 普罗哈斯卡,索尼娅J。;伯克默,莎拉J。;Gärtner,费边;盖特,托马斯;瑞茨拉夫,南希;Höner zu Siedersdissen,基督教;Stadler,Peter F.:基因簇的扩张,循环序和最短哈密顿路径问题(2018)
  4. 莫妮卡·巴尔沃·奇瓦蒂(Balvoūiėtė);布莱恩特,大卫;斯皮尔纳,安德烈亚斯:什么时候可以在飞机上画劈叉?(2017年)
  5. 浅野,铁雄;詹森,杰斯珀;笹俣、俣彦;上原良惠;Valiente,Gabriel:快速计算Robinson-Foulds系统发育网络之间的距离(2012)
  6. 昌吉州伊斯拉赫奇;哈桑扎德,礼萨;埃桑莫塔吉;哈比比,马哈纳兹;哈米德·佩泽什克;Sadeghi,Mehdi:使用模拟退火法从加权四分体构建圆形系统发育网络(2012)
  7. 卡尔德斯,香椿;拉蒙,简;范戴克,德里斯:所有规范化反单调重叠图测度都有界(2011)
  8. 格吕纽瓦尔德,S。;库伦,J.H。;Lee,W.S.:极大弱相容分裂系统中的四重奏(2009)
  9. 格吕纽瓦尔德,S。;莫尔顿,V。;Spillner,A.:从加权四分位数生成平面分裂网络的QNet算法的一致性(2009)
  10. 格吕纽瓦尔德,斯特凡;胡贝尔,凯瑟琳T。;穆尔顿,文森特;萨梅尔,查尔斯;Spillner,Andreas:用加权四分位数描述弱相容性(2009)
  11. 格吕纽瓦尔德,S。;胡贝尔,K.T。;Wu,Q.:构建系统发育超级网络的两个新的闭合规则(2008)