coseg公司

约束变化点检测的对数线性时间算法。突变点检测是时间序列和基因组数据中的一个核心问题。对于某些应用程序,对更改的方向施加约束是很自然的。一个例子是ChIP seq数据,对于该数据,添加上下约束可以提高峰值检测精度,但会使优化问题更加复杂。我们展示了最近提出的函数剪枝技术如何适用于解决这样的约束变化点检测问题。这就产生了一种新的算法,它可以解决相邻段均值上具有任意仿射约束的问题,并且在数据量上具有对数线性的经验时间复杂度。该算法在多个基因组数据集的基准测试中达到了最先进的精度,并且比具有类似精度的现有算法快了一个数量级。我们的实现是coseg R包中的PeakSegPDPA函数,https://github.com/tdhock/coseg