套装2P

Suite2p:用标准双光子显微镜观察超过10000个神经元。双光子显微镜记录和强大的钙依赖性荧光传感器相结合,可以同时记录空前庞大的神经元群。虽然这些传感器经过几代人的发展已经成熟,但处理其荧光的计算方法仍然效率低下,结果也难以解释。在这里,我们介绍了一套基于新的聚类算法的实用方法,并提供了从原始图像数据到神经元钙示踪到推断峰值时间的完整管道。我们建立了一个荧光图像的生成模型,结合了峰值时间和空间平滑的神经网络信号,并使用快速算法解决了推理和学习问题。这种实现与记录单元的数量成线性关系,在商品gpu上,对于典型的两小时长的记录,整个管道大约在一个小时内运行。此外,这种方法回收的细胞是以前标准方法的两倍。这使我们能够进行常规记录和检测用标准双光子共振扫描显微镜同时从清醒小鼠的视皮层提取10000个细胞。该软件在github上公开。com/cortex lab/Suite2P,以及一个图形用户界面,可以快速手动管理结果。