彪马

Puma:一种用于在微阵列分析中传播不确定性的生物导体封装。对Affymetrix基因芯片数据(包括传统的3'阵列和外显子阵列以及人类转录组阵列2.0)的分析大多基于表达水平的点估计,而忽略了这些估计的不确定性。通过向下游分析传播不确定性,我们可以改善微阵列分析的结果。puma包第一次为普通用户提供了一套不确定性传播方法。除了从Affymetrix 3'阵列计算基因表达外,puma还提供了处理外显子阵列和产生基因和亚型表达的方法,以备选择性剪接研究。与以前可用的不确定性传播方法相比,puma还提供了在执行范围和速度方面的改进。包括总结,差异表达检测,聚类和PCA方法,以及有用的绘图功能。

参考文献中的数学4条)

显示第1到第4个结果,共4个。
按年份排序(引用)

  1. 玛拉斯,西蒙妮;凯利,詹姆斯F。;莫拉格,玛格丽达;米勒,安德烈亚斯;科佩拉,米迦勒A。;瓦茨奎斯,马里亚诺;弗朗西斯·吉拉尔多。;圭尧姆侯泽;Jorba,Oriol:数值天气预报的基于单元的伽辽金方法综述:有限元、谱元和间断伽辽金(2016)
  2. 史蒂文斯,约翰·R。;贝尔,杰森·L。;阿斯顿,肯尼斯一世。;White,Kenneth L.:小样本基因表达数据的探针水平和probeset模型的比较(2010)ioport公司
  3. 皮尔逊,理查德D。;刘学军;桑吉内蒂,吉多;米洛,玛尔塔;劳伦斯,尼尔D。;Rattray,Magnus:Puma:用于传播微阵列分析不确定性的生物导体包(2009)ioport公司
  4. 桑托普,赫尔曼·M·J。;默兰,佩里·D。;登汉姆,雷内范;赖因德斯,马塞尔J.T。;Verhaegh,Wim F.J.:特征变异下微阵列乳腺癌分类的综合敏感性分析(2009)ioport公司