圆周率

PI:一个开源软件包,用于验证序列结果和质谱可视化。背景:串联质谱(MS/MS)已成为蛋白质组学中高通量蛋白质鉴定的主要方法。最近的技术突破极大地提高了MS/MS数据生成的效率。同时,通过在蛋白质序列数据库中搜索最有可能产生观察到的光谱的肽,已经开发出复杂的算法来从肽质谱/质谱数据中识别蛋白质。目前流行的SEQUEST算法依赖于肽的实验质谱和理论谱之间的相互关系。它采用了一个简化的碎裂模型,为所有主要离子分配一个固定的和相同的强度,并为它们的中性损失分配固定和较低的强度。这样就避免了理论光谱预测中的常见问题。然而,在实际应用中,实验谱通常与理论预测的谱并不相似,因此常常会产生不正确的识别结果。肽段测序需要更精确的算法才能产生更精确的肽段测序结果。在这里,我们设计了新颖而精巧的算法的软件PI,充分利用了光谱的强度特性。结论:利用频谱的强度特性,采用新颖有效的算法设计了PI软件。实验结果表明,PI算法能够有效地验证和提高排序结果,使排序结果更加令人满意。。我们将这些算法集成到一个开源软件包PI(Peptide Identifier),可以从http://www.bioinfo.org.cn/MSMS/免费下载。

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  1. 乔彦涛;张宏;卜东波;孙世伟:一个用于质谱序列结果验证和可视化的开源软件包(2011)ioport公司


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