Acgh.样条

样条线-用于aCGH染料偏压标准化的R包。动机:基于阵列的比较基因组杂交(aCGH)数据的仔细标准化对于精确检测拷贝数变化至关重要。aCGH中使用的两种荧光团(通常是Cy5和Cy3)之间的标记亲和力差异可以观察到强度分布中的偏差。如果不加以控制,这种偏差很可能会在下游分析过程中扭曲数据解释,并导致错误发现数量的增加。结果:在本研究中,我们开发了一种自然三次样条插值方法aCGH.Spline,然后对异常值进行线性插值,能够快速有效地去除大量aCGH数据集中的染料偏倚。结论:我们已经证明,消除这种偏差和减少实验噪声对准确检测拷贝数变化(CNV)和拷贝数变化(CNA)的能力有很大的积极影响。

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  1. Fitzgerald,Tomas W.;Larcombe,Le D.;Le Scouarnec,Solena;Clayton,Stephen;Rajan,Diana;Carter,Nigel P.;Richard Redon:Acgh.spline-Acgh染料偏压标准化的R包(2011年)ioport公司