贝耶斯皮克

BayesPeak-一种用于分析芯片序列数据的R软件包。动机:识别芯片序列数据中感兴趣的基因组区域,通常称为峰值调用,目的是找到转录因子结合位点、修饰组蛋白或核小体的位置。BayesPeak算法是利用贝叶斯统计技术对数据结构进行建模的,它被证明是一种可靠的方法,但没有完整的基因组实现。结果:在这篇文章中,我们提出了BayesPeak,一个用于全基因组峰值调用的R包,它提供了BayesPeak算法的灵活实现,并且与下游的生物导体包兼容。BayesPeak包介绍了一种新的后验概率输出汇总方法,以及处理过拟合和支持并行处理的方法。我们将该包与其他常见的峰值呼叫者进行简单比较。可用性:作为BioConductor 2.6版的一部分提供。网址:http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/BayesPeak.html

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zbMATH参考文献(参考 7篇文章 参考)

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